Pie in the Sky begint aan de vooravond van het 3000th Harvest Tournament, waar verhalen worden verteld over de oude dieren van Pomme die zich wagen in verre landen om hun eigen koninkrijk te stichten. Om dit te bereiken, hebben de oprichters van Pomme bijgedragen aan de bouw van het legendarische Airship Kai en deze doordrenkt met de beste kennis van alle negen diersoorten. Met de kracht en snelheid van het schip werden de fundamenten van elk koninkrijk gebouwd. Een jaar later reisden het luchtschip en zijn Fox- en Owl-passagiers de verre grenzen in en werden nooit meer gezien of gehoord... tot nu toe.