Elk spel omvat een actievol gevecht waarin twee zijden tegenover elkaar staan. Eén van de spelers neemt de rol aan van de Schurk en controleert de beruchtste criminelen van Gotham City. De overige spelers nemen de controle over de Helden, die als team moeten samenwerken om de plannen van de Schurk te dwarsbomen. Beide zijden nemen om de beurt hun beurt, waarbij ze hun strategieën tegen elkaar inzetten om hun doelstellingen te bereiken.

Elk spel van Batman: Gotham City Chronicles wordt gespeeld volgens een scenario dat het plot, de locatie, de opstelling van het spel, het aantal beurten en de specifieke doelstellingen van elke zijde beschrijft om het spel te winnen.

Het spel omvat twee kanten: de Helden en de Schurk. Deze dynamiek wordt vertegenwoordigd door twee aparte dozen voor elke zijde. Deze scheiding heeft nog een ander doel: het vergemakkelijkt de opstelling van het spel. De Heldendoos bevat hun miniaturen, Held Bat-Tablets, Schermen, Kaarten... alles wat de Helden nodig hebben om een scenario te spelen. De Schurkendoos bevat hun miniaturen, Tegels, dobbelstenen en alles wat nodig is om het gevecht voor te bereiden.

Deze 2 dozen vormen de kern van het spel en zijn noodzakelijk om de uitbreidingen van Wayne Manor, Arkham Asylum en Solo/Coop te spelen.