Crysis 3 is een first-person-shooter waarin de speler beschikt over extreme krachten. Het welbekende Nano-suit zorgt voor ongekende kracht en tactische mogelijkheden. Die zal je nodig hebben ook, want in Crysis 3 gaat de speler terug naar New York dat dichtgegroeid is en wordt bezet door een buitenaards ras.

Het derde spel speelt zich af in 2047 en neemt de speler mee in de rol van Alcatraz wanneer hij terugkeert naar New York. Hier ontdekt hij dat de steden zijn ingesloten door middel van een gigantische Nanokoepel gemaakt door de corrupte Cell Corporation. De New York City Liberty Dome is een stedelijk oerwoud vol overwoekerde bomen, dichte moeraslanden en woeste rivieren.

In de Liberty Dome komen zeven verschillende en verraderlijke omgevingen bekend te staan als de Zeven Wonderen. Prophet heeft gezegd dat hij op een missie zou gaan om wraak te nemen na het ontdekken van de waarheid van Cells motieven voor het bouwen van de Nanokoepel. De inwoners werden verteld dat de gigantische koepel werd gebouwd voor het beschermen van de bevolking en het reinigen van de metropolen van de overblijfselen van de Ceph krachten.

In werkelijkheid zijn de Nanokoepels Cells heimelijke poging om een land en de technologie te beheersen bij hun streven naar de wereldheerschappij. Niemand is meer veilig op het pad van wraak nu er buitenaardse Ceph op de loer liggen en menselijke vijanden in de aanval zijn. Prophets doel is iedereen uitschakelen en de stad terugkrijgen.

Om je missie uit te voeren krijg je de beschikking over de volgende generatie wapentuig. Scanners, lasers, raketten, de mogelijkheid onzichtbaar te zijn. Jij bent de jager die achter zijn prooi aanzit. Identificeer je doelwit, schakel hem uit, neem de buit mee en verdwijn voordat het te hectisch wordt. In Crysis 3 ben jij een technologische superjager.