In Pax Pamir nemen spelers de rol aan van negentiende-eeuwse Afghaanse leiders die proberen een nieuwe staat te smeden na de ineenstorting van het Durrani-rijk. Westerse geschiedenissen noemen deze periode vaak "The Great Game" vanwege de rol van de Europeanen die probeerden Centraal-Azië te gebruiken als theater voor hun eigen rivaliteit. In dit spel worden die rijken strikt bekeken vanuit het perspectief van de Afghanen die probeerden de binnendringende ferengi (buitenlanders) voor hun eigen doeleinden te manipuleren.

Qua gameplay is Pax Pamir een vrij rechttoe rechtaan tableau builder. Spelers besteden het grootste deel van hun beurt aan het kopen van kaarten op een centrale markt en spelen die kaarten vervolgens voor zich uit in een enkele rij die een veld wordt genoemd. Speelkaarten voegen eenheden toe aan het spel en geven toegang tot aanvullende acties die kunnen worden ondernomen om andere spelers te verstoren en het verloop van het spel te beïnvloeden. Dat laatste punt verdient de aandacht. Hoewel iedereen zijn eigen rij kaarten aan het bouwen is, biedt het spel veel manieren waarop spelers elkaar direct en indirect kunnen hinderen.

Om te overleven, zullen spelers zich organiseren in coalities. Gedurende het spel wordt de dominantie van de verschillende coalities door de spelers geëvalueerd wanneer een speciale kaart, een zogenaamde "Dominantiecontrole", wordt afgehandeld. Als een enkele coalitie een bevelvoerende voorsprong heeft tijdens een van deze controles, ontvangen de spelers die loyaal zijn aan die coalitie overwinningspunten op basis van hun invloed in hun coalitie. Als Afghanistan echter gefragmenteerd blijft tijdens één van deze controles, ontvangen spelers in plaats daarvan overwinningspunten op basis van hun persoonlijke machtsbasis.

Na elke Dominance Check wordt het spel gedeeltelijk gereset, waardoor spelers een nieuwe poging krijgen om hun ambities waar te maken. Het spel eindigt wanneer een enkele speler een voorsprong van vier of meer overwinningspunten kan behalen of nadat de vierde en laatste Dominantiecontrole is opgelost.