In Kyoto no Neko nemen 2 tot 4 spelers de rol aan van kittens die de moderne stad Kyoto, Japan, verkennen door middel van een reeks onafhankelijke, herspeelbare scenario's. In elk scenario moeten spelers verschillende missies voltooien die typische kattengedragingen vertegenwoordigen, zoals bevriend raken met een schooljongen, een gevecht aangaan met een agressieve zwerfkat, of eten stelen uit de voerbak van een andere speler. Tijdens het spel evolueren de spelers, ontwikkelen ze hun vaardigheden en krijgen ze de mogelijkheid om nieuwe delen van de kaart te verkennen door op struiken en daken te klimmen.

Met behulp van een vaardighedensysteem interacteert elke speler met enkele van Kyoto's inwoners, zowel dieren als mensen. Elke beurt biedt de kans om iets nieuws over de stad te ontdekken, terwijl spelers elementen onthullen, van kleine insecten tot specifieke objecten of bewoners van Kyoto. Sommige van deze elementen worden weergegeven door kartonnen tegels, terwijl andere als staande figuren worden geleverd, wat zorgt voor een indrukwekkende visuele ervaring.