In Underwater Cities, dat ongeveer 30-45 minuten per speler duurt, vertegenwoordigen spelers de krachtigste hersenen ter wereld, hersenen die zijn genomineerd vanwege de overbevolking van de aarde om de best mogelijke en meest leefbare onderwatergebieden te creëren.

Het belangrijkste principe van het spel is het plaatsen van kaarten. Drie gekleurde kaarten worden langs de rand van het hoofdbord in 3 x 5 vakken geplaatst, die ook gekleurd zijn. Idealiter kunnen spelers kaarten in slots van dezelfde kleur plaatsen. Dan kunnen ze zowel acties als voordelen ondernemen: de actie afgebeeld in de gleuf op het hoofdbord en ook het voordeel van de kaart. Door acties en voordelen kunnen spelers grondstoffen opnemen; het bouwen en upgraden van stadskoepels, tunnels en productiegebouwen zoals boerderijen, ontziltingsapparatuur en laboratoria in hun persoonlijke onderwatergebied; om hun marker op het initiatiefspoor te verplaatsen (wat belangrijk is voor de spelersvolgorde in de volgende beurt); om de "A-kaarten" van de speler te activeren; en om kaarten te verzamelen, zowel speciale als basiskaarten die zorgen voor betere beslissingsmogelijkheden tijdens het spelen.

Alle bijna 220 kaarten - of ze nu speciaal of eenvoudig zijn - zijn onderverdeeld in vijf soorten, afhankelijk van de manier en het tijdstip van gebruik. Onderwatergebieden zijn gepland om dubbelzijdig te zijn, waardoor spelers veel kansen krijgen om OP's te behalen en uiteindelijk te winnen.